深圳海陆空铁口岸俱全，是中国拥有口岸数量最多、出入境人员最多、车流量最大的口岸城市。
深圳市口岸办公室http://www.szka.gov.cn/
深圳口岸
深圳口岸是全国最繁忙的口岸之一，拥有经国务院批准对外开放的一类口岸15个，其中包括中国客流量最大的旅客出入境陆路口岸——罗湖口岸，24小时通关的皇岗口岸，我国首个内地与香港无缝接驳的地铁口岸——福田口岸，以及唯一“一地两检”的陆路口岸——深圳湾口岸。2013年，经深圳口岸出入境人员2.25亿人次，日均61万人次，出入境车辆1570.6万辆次，日均4.3万辆次。
深圳罗湖口岸一角
深圳海关
深圳海关直属中华人民共和国海关总署领导，业务管辖区域包括深圳市及惠州市。深圳海关是全国任务最繁重的海关之一,为企业提供“24小时预约通关”等个性化服务。
港口航运
2013年深圳港完成货物吞吐量2.34亿吨，集装箱吞吐量2328万标准箱，同比分别增长2.59%、1.47%，集装箱吞吐量居全球第三。截至2013年底，深圳港国际集装箱班轮航线达230条，成为国际班轮航线密度最高的城市之一；友好港14个。
深圳一港口
铁路运输
深圳是华南地区重要的铁路枢纽，珠三角区域性主中心，规划线网最主要的支撑点。厦深铁路和广深港客运专线是国家《中长期铁路网规划》“四纵四横”快速铁路通道中杭福深客运专线和京港客运专线的重要组成部分。厦深铁路已于2013年底建成通车，广深港客运专线广深段已于2011年开通运营；深圳北站、深圳东站、深圳坪山站枢纽已建成并投入使用，深圳已成为华南至全国重要的区域性铁路客运枢纽。
公路运输
深圳公路交通发达，可通过高等级公路网方便地到达珠三角各城市。至2013年底，深圳市长途客运班线覆盖省内各市县，辐射香港、澳门及内地20多个省（自治区、直辖市）。随着珠三角区域交通一体化和高速公路联网的实现，深圳作为国家级交通枢纽城市的地位将进一步巩固。
地铁交通
2013年，深圳市地铁线网共有5条运营线路，总里程178公里，设站118座，包括换乘站13座。全年客运量9.17亿人次，日均250万人次，单日最高客运量突破340万人次，地铁占公交出行比例已达25.9%，轨道交通成为公共交通的骨干力量。
城市公交
截至2013年底，常规公交日均客运量达603万人次，原特区内公交站点500米实现全覆盖，原特区外公交站点500米覆盖率达91%。2013年，新增优化公交专用道102公里，全市公交专用道整体规模达752.1公里。全市共有出租车16023辆，其中纯电动出租车850辆，为全球之最。2013年全市出租车客运量达到4.32亿人次，占公交出行量12%。
民用航空
深圳宝安国际机场是中国境内第一个实现海、陆、空联运的现代化国际空港。截至2014年3月，通航城市102个，通航航线163条，货运基地航空公司8家。2013年，深圳空港完成旅客吞吐量3226.85万人次，同比增长9.1%；货邮吞吐量91.35万吨，同比增长6.9%；航空器起降25.74万架次，同比增长7.2%。机场二跑道已经建成并投入使用，标志着深圳空港进入双跑道运营时代。宝安国际机场T3航站楼已于2013年11月投入使用，深圳机场的旅客吞吐能力达4500万人次，货邮吞吐能力达240万吨，飞机起降能力达37.5万架次。